Kerk
De huidige kerk is gebouwd rond 1425 maar er moet al eerder een kerk hebben gestaan in Franeker. De kerk is niet in één keer ontstaan in de huidige vorm maar heeft vele wijzigingen ondergaan. Zo liepen bijvoorbeeld oorspronkelijk de zijbeuken door langs de toren. De kerk heeft de vorm van een driebeukige pseudo-basiliek waarbij de nodig symboliek in de bouw is verwerkt. Rond het koor staan 12 pilaren. Deze verwijzen naar de 12 apostelen èn naar de 12 artikelen van het christelijk geloof. De Middenkerk (het middengedeelte) heeft 8 pilaren. Deze verwijzen naar de 8 dagen van de week (van zondag tot zondag). De onversierde toren heeft een hoge naaldspits en een klokkenstoel met 3 klokken (1450/1943/1948). Tegen de oostzijde van het koor is in 1647 een poortje geplaatst. ln de natuurstenen bekroning is het stadswapen van Franeker gebeeldhouwd. Tegen de noordzijde van de kerk staat de sacristie. Van de oude inrichting van de kerk is veel verloren gegaan, mogelijk bij de restauratie van het gebouw in 1876-1878. In 1940-1943 vindt een grote restauratie plaats. De kerkruimte wordt ingericht naar de liturgische eisen van die tijd. De preekstoel wordt verplaatsten de kerk wordt in de lengterichting ingericht. De kansel dateerd uit 1622 en heeft een klankbord dat bekroond is door een achterstevoren staande leeuw met het stadswapen van Franeker. In het koor staan vier 15e eeuws koorbanken. Ook staat er een 17e eeuwse avondmaalsbank en een bank met gotische briefpanelen. Op sommige pilaren van de Martinikerk zijn fresco’s teruggevonden die zijn ontstaan tussen 1450 en 1500. In deze fresco’s is veel symboliek verwerkt. De kerk bezit ongeveer 200 grafzerken. De meeste zerken waren in de 19e eeuw langs de muur geplaatst maar in 1943 besloot men het grootste deel weer in de vloer te leggen. De kerk is een rijksmonument.
Orgel
1838
Opdracht aan L.J. en J. van Dam uit Leeuwarden voor de bouw van een nieuw orgel met gebruikmaking van pijpwerk van het voormalige orgel. Dit orgel was gebouwd door Johannes Radeker in 1721-1722. Hierin was pijpwerk van het orgel uit 1528-1534 verwerkt. Aan de bouw van dat orgel werd begonnen door Jan van Covelen uit Amsterdam en het werd voltooid door Hendrik Niehoff uit 's-Hertogenbosch in 1534.
1842
Het orgel wordt voltooid. Op het Hoofdwerk is één gereserveerde plaats. De keuring en het orgelspel tijdens de ingebruikname op 9 november wordt verzorgd door S.A. Hempenius, organist van de Grote kerk te Zwolle.
1857
Fa. L. van Dam & Zn. uit Leeuwarden herstelt het orgel en plaatst een Fagot 16' op de gereserveerde plaats.
1915
Fa. L. van Dam & Zn. uit Leeuwarden voert de volgende wijziging door: - Op het Hoofdwerk komt een Violoncel 8' in plaats van de Fagot 16'. - De Aeoline 8' vervangt de Quint 3'. - Op het Bovenwerk wordt een nieuwe Viola di Gamba 8' (discant)   geplaatst. - Nieuw pedaalkoppel. Op 15 oktober wordt het orgel opnieuw in gebruik genomen door K. Visser, organist van de kerk.
1938
Fa. Pannekoek uit Leeuwarden wijzigt het orgel: - Op het Hoofdwerk wordt de Holpijp van roeren voorzien. - De samenstelling van de Cornet en Mixtuur wordt gewijzigd. - Violoncel wordt vervangen door Holfluit 4'. - Op het Bovenwerk wordt de Viola vervangen door Nazard 3' en de   Dulciaan vervangen door een Basson-Hobo 8'. - Er wordt een zwelkast aangebracht.
1952
W. van Leeuwen uit Leiderdorp voert een aantal wijzigingen uit: - Scherp op het Bovenwerk vervangt Nasard 3' - De Nasard 3' wordt gewijzigd in een Quint 3' op het Hoofdwerk   ter vervanging van de Aeoline 8'.
1996-1998
Fa. Bakker & Timmenga uit Leeuwarden, restauratie en reconstructie. Schilderwerk door K. de Graaf te Burdaard. Alle eerdere wijzigingen worden weer ongedaan gemaakt: - Nieuwe Quint (ex-Leiden Oosterkerk, van Dam 1901). - Roerfluit wordt weer Holpijp. - Holfluit 4' wordt verwijderd. - De kleinste pijpjes van de Trompet 8' worden bijgemaakt   (zijn vervangen door labiaalpijpjes). - De Mixtuur en Cornet worden weer in de oorspronkelijke staat   hersteld. - Op het Bovenwerk wordt de volgorde van de registers hersteld. - Scherp wordt vervangen door Viola de Gambe 8' (L. van Dam & Zn.   1885, afkomstig uit de Grote Kerk te Leeuwarden). - Alle windladen, kanalen en balgen worden gerestaureerd. - Restauratie van de mechanieken van het Hoofdwerk en het Pedaal. - Er wordt een nieuwe windmachine gemaakt. - Het pijpwerk wordt gerestaureerd. - De bediening van het pedaalkoppel wordt herzien. - De restanten van de zwelkast worden verwijderd. - De frontpijpen worden gepoetst.>br> Schilderwerk: - Aan de frontzijde wordt alle schilderwerk schoongemaakt en bijgewerkt. - Alle verguldwerk wordt vernieuwd. - Op de labia van de frontpijpen wordt bladgoud aangebracht. - Het hoofdgestel wordt gemarmerd. - De zijkanten en onderkant van de balustrade worden geschilderd. - De zuilen worden bijgewerkt. Ter besluit van de restauratieperiode: - Nieuwe Dulciaan op het Bovenwerk in de van Dam-factuur. - Er wordt een nieuwe Fagot 16' op het Hoodwerk geplaatst (beide   reeds opgedragen). - Restauratie van de klaviatuur en de mechanieken van het Bovenwerk. Adviseur bij de restauratie is Jan Jongepier uit Leeuwarden.
1998
Op 7 mei wordt het orgel tijdens een feestelijke plechtigheid weer in gebruik genomen. Vaste organist Theo Jellema en adviseur Jan Jongepier bespelen daarbij het monumentale orgel.

Hoofdmanuaal, C - f'''				Bovenmanuaal, C - f'''
	Bourdon Prestant Holpijp Octaaf Quint Octaaf Mixtuur Cornet D Fagot Trompet	16' 8' 8' 4' 3' 2' 3-5 st. 3-4 st. 16' 8'			Prestant Flute dolce Viola de Gambe Flute d'amour Gemshoorn Dulciaan	8' 8' 8' 4' 2' 8'

Pedaal, C - d'				Werktuigelijke registers
	Prestant Octaaf Octaaf Bazuin Trompet	16' 8' 4' 16' 8'			Pedaalkoppel Manuaalkoppel Tremulant BW 3 afsluitingen 4 spaanbalgen